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【2026年最新】通関手続きとは?輸出入の流れ・必要書類・費用をわかりやすく解説

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通関手続きとは、輸出入時に税関へ申告し許可を得るプロセスです。本記事では輸出・輸入それぞれの流れ、必要書類、費用の目安、通関業者の選び方までわかりやすく解説します。

海外との取引を始める際、避けて通れないのが「通関手続き」です。輸出入の際には必ず税関を通過する必要があり、その手続きを誤ると貨物の差し止めや追徴関税、最悪の場合は法令違反に問われることもあります。しかし、通関の仕組みを正確に理解している企業担当者は意外に少ないのが現状です。

通関手続きは、輸出と輸入で手順が大きく異なります。必要な書類の種類、税関への申告方法、審査・検査の流れ、そして関税の計算まで、多くのステップが複雑に絡み合っています。これらを正確に把握することが、スムーズな国際取引の出発点となります。

本記事では、通関手続きの基本的な定義から、輸出・輸入それぞれの具体的な流れ、必要書類の種類と役割、かかる費用の目安、信頼できる通関業者の選び方、そしてよくあるトラブルとその対処法まで、実務に役立つ知識をわかりやすく解説します。

この記事でわかること

  • ・通関手続きの定義と法的根拠
  • ・輸出通関・輸入通関それぞれの流れ
  • ・インボイスやパッキングリストなど必要書類の種類と役割
  • ・通関費用の目安と通関業者の選び方

1. 通関手続きとは何か

通関の定義と法的根拠

通関手続きとは、貨物を輸出・輸入する際に税関(Customs)に対して申告を行い、許可を得るための一連の手続きを指します。日本では関税法を主な根拠法として、輸出入される全ての貨物はこの手続きを経なければ国境を越えることができません。

税関は財務省の出先機関であり、関税の徴収、違法・危険物品の水際取締り、輸出入統計の作成といった役割を担っています。通関手続きはこうした国家管理の仕組みの中核をなすものです。

通関が必要な場面

商品の売買に伴う輸出入はもちろん、展示品や試作品の一時的な持ち出し・持ち込み、個人輸入、さらにはサンプル品の送付も通関手続きの対象となります。金額の大小や商業目的かどうかにかかわらず、国境を越える貨物には基本的に通関が必要です。

また、輸出入には税関への申告だけでなく、品目によっては関係省庁の許可・承認が別途必要なケースもあります。食品は厚生労働省への届出、動植物は農林水産省の検疫、武器や軍事転用可能品は経済産業省への許可申請が求められます。

NACCSとは

日本の通関手続きは、NACCS(Nippon Automated Cargo and Port Consolidated System:輸出入・港湾関連情報処理システム)と呼ばれるオンラインシステムを通じて電子的に行われています。通関業者はこのシステムを用いて税関への申告書を送信し、許可を受けます。NACCSの導入により手続きの大幅な迅速化が実現していますが、操作には専門的な知識が必要なため、自社対応よりも通関業者への委託が一般的です。

2. 輸出通関の流れ

輸出通関の基本的なステップ

輸出通関は、大きく「輸出申告→審査→許可」という3つのステップで構成されます。輸入通関と異なり、輸出の場合は原則として関税がかかりません。そのため手続きは比較的シンプルですが、適切な書類の準備と申告内容の正確さは輸出においても不可欠です。

まず、貨物を輸出しようとする者(または委託された通関業者)が、貨物を保税地域(港の倉庫等)に搬入した上で、NACCSを通じて税関に輸出申告書を提出します。申告書には、品名・数量・価格・仕向け国・インコタームズなどを記載します。

審査・検査の流れ

税関は申告書の内容を審査し、問題がなければ輸出許可を発行します。審査は書類審査が基本ですが、税関がリスクと判断した場合には実地検査(貨物を開披して内容を確認する検査)が行われます。実地検査となった場合は通常より時間がかかります。

輸出許可が下りると「輸出許可通知書」が発行されます。この許可書は輸出した事実を証明する重要な書類であり、貿易保険の申請や外国為替の決済などに用いられます。紛失しないよう保管することが重要です。

輸出規制品への対応

外為法(外国為替及び外国貿易法)により、軍事転用の可能性がある技術・製品については安全保障貿易管理の規制がかかります。規制対象品目を輸出する場合は、経済産業省への事前申請と許可取得が必要です。規制に該当するかどうかの判断(該非判定)は輸出者の責任で行うことが求められます。

Digima〜出島〜に実際に寄せられた相談では、FA機器メーカーが中国のサプライヤーから部品を調達しようとした際に、輸出管理上の規制品目に該当するかどうかの確認が必要となり、専門家への相談から始めるケースがありました。輸出規制の判断は専門的な知識を要するため、不明な場合は早めに専門家に相談することが重要です。

3. 輸入通関の流れ

輸入通関の基本的なステップ

輸入通関は、輸出通関と比べて手続きがより複雑です。関税や消費税の計算・納付が伴うほか、品目によっては複数の省庁にまたがる許認可が必要となるためです。基本的な流れは「輸入申告→審査・関税額の確定→関税・消費税の納付→輸入許可」となります。

まず、貨物が保税地域に搬入されると、輸入者(または通関業者)はNACCSを通じて税関に輸入申告書を提出します。申告書には、品名・数量・課税価格・関税率・適用する貿易協定(EPA/FTAなど)の情報などを記載します。

関税の計算と納付

税関による審査を経て、課税価格と関税率に基づいて関税額が確定します。課税価格はインボイス価格をベースに、輸送費・保険料などを加算したCIF価格(着荷港までの費用込み価格)が基本となります。関税率は品目ごとに定められており、実行関税率表(タリフ)で確認できます。

関税額が確定したら、消費税とともに税関に納付します。輸入消費税は国内消費税と同じ税率(現在10%、食料品等は8%)が適用されます。関税と消費税を合計した金額が、輸入許可を得るために必要な納付額となります。

輸入許可と貨物の引き取り

関税・消費税の納付が完了すると「輸入許可通知書」が発行され、保税地域から貨物を引き取ることができます。輸入許可通知書は確定申告や消費税の仕入税額控除にも用いる重要書類です。

品目によっては、輸入申告の前に別途許可・承認が必要な場合があります。食品は食品衛生法に基づく届出(厚生労働省)、動植物は植物防疫法・家畜伝染病予防法に基づく検疫(農林水産省)、医薬品・医療機器は薬機法に基づく承認(厚生労働省)などが代表例です。これらの許認可取得に時間がかかると、保税地域での保管コストも増大するため注意が必要です。

4. 通関に必要な書類

インボイス(商業送り状)

インボイスは通関において最も基本的な書類であり、売買契約の内容(品名・数量・単価・合計金額・取引条件)を記載した書類です。税関はインボイス記載の金額を基に課税価格を計算するため、内容の正確さが求められます。インボイスは売主が作成し、買主・通関業者・税関のそれぞれに提出されます。

パッキングリスト(梱包明細書)

パッキングリストは、貨物の梱包内容を詳細に記載した書類です。ケースごとの品番・数量・正味重量・総重量・容積などを記します。税関の検査時に貨物の内容を確認するために用いられるほか、フォワーダーや船会社が運賃を計算する際にも参照されます。

船荷証券(B/L)・航空貨物運送状(AWB)

船荷証券(Bill of Lading、B/L)は海上輸送において船会社が発行する書類で、貨物の受取証であり、輸送契約の証明書であり、貨物の引き取り権を示す有価証券でもあります。航空輸送の場合は航空貨物運送状(Air Waybill、AWB)が用いられますが、AWBは有価証券ではなく単なる運送契約書です。

原産地証明書

原産地証明書は、貨物がどの国で生産・製造されたかを証明する書類です。EPA(経済連携協定)やFTA(自由貿易協定)を適用して関税の減免を受ける場合に必要となります。日本が締結している協定の相手国向けに輸入する場合は、優遇関税率の適用を受けるために仕入れ先に原産地証明書の取得を依頼する必要があります。

その他の書類

品目によっては、輸入許可書(武器・火薬類等)、ワシントン条約(CITES)に基づく許可書(絶滅危惧種を含む製品)、検疫証明書(食品・動植物)、保険証券などが追加で必要となります。また、EPA/FTAを活用する場合は自己申告制度を利用するケースも増えています。

5. 通関費用の目安と通関業者の選び方

通関費用の内訳

通関にかかる費用は大きく、関税・消費税などの税金と、通関業者への手数料・港湾関連費用に分けられます。関税・消費税は品目・数量・価格によって異なり、通関業者への基本手数料の目安は1件あたり5,000円〜30,000円程度です。

港湾関連費用としては、THC(ターミナルハンドリングチャージ)、保税倉庫保管料、配送料などが別途発生します。輸入の場合、関税・消費税の総額が大きくなることも多く、事前に税関の「輸入関税計算ツール」などで概算しておくことが重要です。

通関業者選びのポイント

通関業者を選ぶ際には、まず自社が取り扱う品目・仕向地に対する実績があるかを確認することが重要です。食品や医薬品、危険物など専門性の高い品目は、対応実績のある業者でなければスムーズな手続きが困難です。

次に、費用の透明性も大切な判断基準です。見積もりに含まれる項目・含まれない項目を事前に明確にし、想定外の追加費用が発生しないかを確認しましょう。また、フォワーダー(国際輸送の手配業者)機能を兼ね備えた業者であれば、輸送から通関までをワンストップで依頼できるため効率的です。

よくあるトラブルと対処法

通関で起こりやすいトラブルの第一は、書類の不備や記載ミスです。インボイスの金額と実際の貨物価格が合わない「アンダーバリュー」は関税法違反となり、修正と追徴税が発生します。正確な書類作成が最大の予防策です。

次に多いトラブルは、輸入規制品目への対応漏れです。品目の事前リサーチを怠ると、貨物が税関で止まり保管コストが膨らむ事態になりかねません。また、EPA/FTAの特恵税率を適用し忘れると余分な関税を支払うことにもなります。通関業者に委託する際は、これらのポイントについても事前に相談・確認することをおすすめします。

6. よくある質問(FAQ)

Q1. 通関手続きは自分でできますか?

法律上は自社で行うことも可能ですが、関税法の知識やNACCS(税関手続きシステム)への対応が必要です。手続きの煩雑さやミスのリスクを考えると、専門の通関業者(通関士)に委託するのが一般的です。

Q2. 通関にかかる時間はどのくらいですか?

書類に不備がなく検査も省略された場合、輸出通関は数時間〜1営業日程度で完了します。輸入通関は関税の計算や検査が伴うため、通常1〜3営業日かかります。書類の不備や実地検査が入った場合はさらに時間を要します。

Q3. 通関費用の相場はどのくらいですか?

通関業者への手数料は、輸出入1件あたり5,000円〜30,000円程度が目安です。貨物の種類・数量・仕向地によって異なり、関税・消費税・通関費用に加えて、港湾費用や書類作成費用が別途かかる場合もあります。

Q4. インボイスとパッキングリストの違いは何ですか?

インボイス(商業送り状)は商品の品名・数量・単価・合計金額・取引条件などを記載した書類で、関税額の算出基礎となります。パッキングリストは貨物の梱包内容(個数・重量・寸法)を詳細に記載した書類で、貨物の確認に使用されます。

Q5. 輸出禁制品とはどういったものですか?

関税法により、麻薬・爆発物・偽ブランド品などは輸出が禁じられています。また、外国為替及び外国貿易法(外為法)により、軍事転用可能な技術・製品は安全保障貿易管理の対象となり、経済産業省への許可申請が必要です。

Q6. AEO制度とは何ですか?

AEO(Authorized Economic Operator)制度とは、税関が貨物のセキュリティ管理や法令遵守体制を審査し、認定した事業者に通関手続きの簡素化や迅速化の優遇措置を与える制度です。輸出入の件数が多い企業にとってはコスト削減につながります。

Q7. 通関業者を選ぶ際のポイントは何ですか?

主なポイントは、取り扱い実績のある品目・仕向地との一致、対応の迅速さ、費用の透明性、フォワーダー機能との連携の有無です。また、通関士が在籍しているか、NACCSへの対応状況、トラブル時の対応体制なども確認しておくとよいでしょう。

7. Digima〜出島〜で海外進出の相談をする

通関手続きは、輸出入ビジネスの根幹をなす重要なプロセスです。書類の不備や規制への対応漏れは、ビジネスの停滞や予期せぬコスト増につながります。初めて海外取引に挑戦する企業や、通関トラブルの経験がある企業にとって、信頼できる専門家のサポートは欠かせません。

Digima〜出島〜は、28,000件以上の海外進出支援実績を持つマッチングプラットフォームです。通関手続きに精通した通関業者・フォワーダー・貿易コンサルタントをはじめ、あらゆる海外進出の専門家と企業をつなぎます。

「どの通関業者に相談すればいいかわからない」「輸出規制の該非判定が不安」「初めての輸入で何から始めればいいかわからない」といったお悩みも、まずはDigima〜出島〜にご相談ください。貴社の状況に合った専門家をご紹介します。

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