フィリピンの法人税を徹底解説｜税率・優遇制度・申告手続きから日本企業の税務リスクまで

掲載日：2025年12月03日

株式会社カメリアコンサルティング

カメリアコンサルティングはマニラ・セブに拠点があり、フィリピン進出する日系企業様向けのワンストップサービス（会社設立、会計税務、法務など）を提供しています。「フィリピンに進出されている日系企業の皆さまが、現地の会計 / 税務 / 法務の業務に頭を悩ませることなく、本業を拡大させること」が命題であると考え、クライアント様のご要望にお応えできる幅広いラインナップを揃えています。代表取締役の日比野は海外進出コンサルティングファームやデロイトトーマツ社で経験を積み、10年間で100件を超えるコンサルティング実績があります。フィリピンに根差しながらも高いクオリティのサービス提供を目指しており、設立以来、フィリピン大手金融機関様からのご紹介案件を中心に、事業を拡大しています。また、2023年11月より、セブ日本人商工会議所の理事も務めています。会社規模問わず、様々な業種のクライアント様のご要望にお応えできますので、是非お気軽にご相談ください。

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フィリピンは、ASEAN域内でも高い経済成長率を維持し、日本企業の進出先として注目を集めています。しかし、フィリピンで法人を設立し事業を展開するにあたっては、法人税制度を正しく理解することが不可欠です。2021年に施行されたCREATE法（企業復興法）による税率引き下げや優遇制度の再編、さらにはCREATE MORE法による追加緩和など、フィリピンの税制は近年大きく変化しています。

本記事では、フィリピンの法人税率の基本から、中小企業やPEZA登録企業向けの優遇措置、申告手続きの実務、日本企業が注意すべき税務リスク、そして今後の税制改正の動向まで、体系的に解説します。

▼ フィリピンの法人税を徹底解説｜税率・優遇制度・申告手続きから日本企業の税務リスクまで

1. フィリピンの法人税の基本情報
2. 法人税の優遇措置と節税のポイント
3. 法人税申告の流れと注意点
4. 日本企業がフィリピンで法人設立する際の税務リスク
5. フィリピンの税制改正と今後の動向
6. よくある質問（FAQ）
7. まとめ

この記事でわかること

フィリピンの法人税率（25%/20%）の適用条件と課税対象の全体像
中小企業向け軽減税率やPEZA（経済特区）の具体的な優遇制度
研究開発・設備投資に対する税額控除の仕組み
四半期申告・年次申告の手続きとスケジュール
外資規制・移転価格税制・二重課税など日本企業固有の税務リスク
CREATE法・CREATE MORE法の改正ポイントと今後の税制動向

1. フィリピンの法人税の基本情報

フィリピンの法人税率と課税対象

フィリピンの法人税（Corporate Income Tax）は、2021年のCREATE法施行により、従来の30%から大幅に引き下げられました。現在、一般企業には25%の法人税率が適用されています。さらに、年間課税所得が500万ペソ以下かつ総資産が1億ペソ未満の中小企業に対しては、20%という軽減税率が設けられています。

課税対象の範囲は、法人の「居住地」によって大きく異なります。フィリピンに本拠を置く居住法人は、フィリピン国内で得た所得だけでなく、海外で発生した所得も含めた全世界所得が課税対象となります。一方、非居住法人（フィリピンに支店や現地法人を持たない外国企業）は、フィリピン国内で発生した所得のみが課税の対象です。このため、フィリピンへの進出形態として現地法人を設立するか支店を開設するかによって、税負担の構造が大きく変わる点に留意する必要があります。

課税所得の計算と控除可能な費用

フィリピンの法人税は、売上高から認められた経費を差し引いた「課税所得」に対して課されます。控除可能な費用としては、従業員の人件費、事務所の賃料、販売促進費、減価償却費、支払利息などが含まれます。また、一定の条件を満たす場合には、研究開発費や設備投資に対する追加控除が認められることもあります。

ただし、経費の控除には厳格な条件があり、事業との関連性が不明瞭な費用を計上した場合には、損金算入を否認されるリスクがあります。フィリピンの税務当局（BIR：Bureau of Internal Revenue）は経費計上の妥当性を厳しく審査するため、正確な帳簿記録と適切な会計処理を日常的に徹底しておくことが重要です。

2. 法人税の優遇措置と節税のポイント

フィリピン政府は、国内外の企業の成長を促進するために、さまざまな税制優遇措置を設けています。中小企業向けの軽減税率に加え、経済特区（PEZA）への登録による法人税免除や、研究開発・設備投資に対する税額控除など、適切に活用すれば税負担を大幅に抑えることが可能です。ここでは、日本企業が特に押さえておくべき3つの優遇制度を解説します。

中小企業向けの法人税軽減措置

フィリピンでは、年間課税所得が500万ペソ以下かつ総資産が1億ペソ未満の企業に対して、通常の25%ではなく20%の軽減税率が適用されます。この制度はCREATE法によって明確化されたもので、中小企業の経営負担を軽減し、事業の成長を後押しすることを目的としています。

さらに、一定の条件を満たす新興企業には「法人税免除（Income Tax Holiday：ITH）」が適用されるケースもあります。ITHが適用されると、最大4年間にわたって法人税の支払いが免除されるため、創業期における資金負担を大幅に軽減できます。ただし、ITHの適用対象となる業種・業態や投資規模には条件があり、すべての企業が自動的に適用を受けられるわけではありません。事前にBIRや投資促進機関に確認のうえ、専門家のアドバイスを受けることが推奨されます。

PEZA（フィリピン経済特区庁）による優遇制度

PEZA（Philippine Economic Zone Authority）は、フィリピン政府が国内外の企業誘致を目的として設置した経済特区制度です。PEZA登録企業は、通常の法人税制とは異なる優遇措置を受けることができ、特に製造業やIT・BPO（ビジネス・プロセス・アウトソーシング）関連企業にとっては大きなメリットがあります。

法人税の免除（Income Tax Holiday）について。PEZA登録企業は、最長4年間の法人税免除を受けることが可能です。業種や活動内容によっては、免除期間が最大8年間まで延長される場合もあります。この期間中は法人税の納税義務が発生しないため、事業の立ち上げ期に経営資源を成長投資に集中させることができます。

免税期間終了後の特別税率について。ITH終了後も、通常25%の法人税率ではなく、総所得に対して5%の特別法人税（Special Corporate Income Tax / Gross Income Tax）が適用されるケースがあります。これにより、免税期間終了後も継続的に税負担が軽減される仕組みです。

関税および付加価値税（VAT）の免除について。PEZA登録企業は、事業に必要な設備や原材料を輸入する際の関税や、直接的に登録事業活動に紐づく警備、清掃、金融サービスの付加価値税（VAT）の免除を受けることができます。これは、特に製造業などにおいてコストの削減に直結する大きな優遇措置です。

このように、PEZAへの登録はフィリピンで事業を行ううえで非常に有効な選択肢です。ただし、PEZA登録には輸出比率や雇用人数など特定の要件を満たす必要があり、申請手続きも複雑なため、進出を検討する段階で早めに詳細を確認しておくことが重要です。

研究開発・設備投資に対する税額控除

フィリピン政府は、技術革新と生産性向上を促進するため、研究開発（R&D）費や設備投資に対する税額控除制度を整備しています。この制度を活用すれば、成長投資を進めながら法人税の負担を軽減することが可能です。

研究開発費の税額控除では、企業が技術開発や製品開発のために支出した研究開発費の一定割合を、法人税額から直接差し引くことができます。新技術の開発や製品の改良に積極的に投資する企業にとって、税負担の軽減と競争力強化を同時に実現できる制度です。

設備投資に対する優遇措置では、生産設備や機械の購入・導入にかかった投資額の一部が税額控除の対象となります。さらに、一定の条件を満たす場合には、加速減価償却（Accelerated Depreciation）を適用することで、通常よりも早期に投資コストを費用化し、回収を早めることも可能です。

ただし、これらの税額控除を受けるためにはBIRへの事前申請が必要であり、適切な会計処理と証拠書類の保管が求められます。申請手続きの不備や計上の誤りがあると、税務調査の対象となり追加課税を受けるリスクがあるため、税務の専門家と連携しながら慎重に対応することが重要です。

3. 法人税申告の流れと注意点

フィリピンで事業を行う法人は、四半期ごとおよび年度ごとに法人税の申告と納税を行う義務があります。申告期限の遵守は厳格に求められ、遅延や不備があれば罰則の対象となります。ここでは、申告手続きの流れ、必要書類、そして税務調査への対応策を解説します。

法人税申告の手続きとスケジュール

フィリピンの法人税申告は、四半期申告（Quarterly Income Tax Return）と年次申告（Annual Income Tax Return）の2種類で構成されています。いずれも期限内に正確な内容で提出することが求められ、遅延した場合にはペナルティが科されます。

四半期申告（BIR Form 1702Q）は、各四半期終了後60日以内に提出します。たとえば1月～3月の第1四半期分であれば、提出期限は5月末日です。四半期ごとに法人税を暫定的に計算し、暫定税額を納付する義務があります。

年次申告（BIR Form 1702）は、会計年度終了後120日以内に提出します。たとえば12月決算の企業であれば、翌年4月15日が申告期限となります。年間を通じた法人税額を確定し、四半期で納付済みの暫定税額との差額を精算します。

申告方法としては、BIRの電子申告システム（eFPS：Electronic Filing and Payment System）、簡易版のeBIRフォーム、または紙面による手書き申告のいずれかを選択できます。ただし、大企業やPEZA登録企業は、eFPSを通じたオンライン申告が義務付けられています。

税務申告時に必要な書類

法人税の申告にあたっては、申告書本体に加えて、複数の関連書類をBIRに提出する必要があります。提出書類の整合性は特に重要です。例えば財務諸表の数字と申告書の金額が一致していない場合、BIRから不審な取引と見なされ、税務調査の対象となるリスクが高まります。提出前に会計担当者や税理士による入念なクロスチェックを行い、数値の整合性を確保しておくことが不可欠です。

税務調査のリスクと対応策

フィリピンの税務当局（BIR）は、税務コンプライアンスを厳格に管理しており、一定の条件に該当する企業は税務調査の対象となる可能性があります。特に注意すべきケースとして、以下のような状況が挙げられます。

売上と申告所得の大きな乖離。売上が順調に伸びているにもかかわらず法人税の納税額が低い場合、BIRは利益の過少申告を疑います。売上の成長と課税所得の推移に合理的な整合性があることを常に説明できるようにしておく必要があります。

過剰な経費控除。事業との関連性が薄い経費を大量に計上している場合、監査の対象になりやすくなります。特に交際費や広告宣伝費については、BIRが詳細な内容を確認するケースが多く見られます。

税制優遇を受けている企業。PEZA登録企業や輸出関連企業など、税制上の優遇措置を受けている企業は、その優遇が適正に運用されているかを確認するため、通常よりも税務調査が実施されやすい傾向にあります。

過去に指摘を受けた企業。以前の税務調査で問題点を指摘された企業は、改善状況を確認するため再度調査の対象となることがあります。過去の指摘事項は確実に是正し、その記録を保管しておくことが重要です。

税務調査に備えるうえで最も重要なのは、日頃からの適正な会計処理と書類管理です。帳簿・領収書・契約書などの証拠書類を体系的に保管し、取引の合理性をいつでも説明できる状態を維持しておきましょう。

4. 日本企業がフィリピンで法人設立する際の税務リスク

日本企業がフィリピンに進出する際には、日本とは異なるフィリピン固有の税務リスクを事前に把握しておく必要があります。外資規制による事業形態の制約、移転価格税制への対応、そして二重課税の回避は、いずれもフィリピン進出の初期段階で検討すべき重要テーマです。

外資規制が法人税に与える影響

フィリピンでは、一部の業種において外資企業の出資比率に制限が設けられており、法人設立時にこの外資規制を考慮することが不可欠です。たとえば、小売業、不動産業、メディア関連事業などでは、外資100%での法人設立が認められないケースがあり、現地パートナーとの合弁（ジョイントベンチャー）を検討する必要が生じます。

また、フィリピンへの進出形態として「現地法人（Domestic Corporation）」と「支店（Branch Office）」のどちらを選択するかによって、適用される税制が異なります。

現地法人（Domestic Corporation）を設立する場合、フィリピンで登記された法人としてフィリピン国内外の全所得が課税対象となります。法人税率は基本25%（中小企業は20%）で、フィリピンの税法に基づいて申告・納税を行います。

支店（Branch Office）を設立する場合、課税対象はフィリピン国内で発生した所得に限定されます。法人税率は現地法人と同様に基本25%ですが、支店から日本本社へ利益を送金する際には、支店利益送金税（Branch Profit Remittance Tax）として15%が追加で課されます。この追加税負担は、利益送金のたびに発生するため、長期的な資金計画に大きな影響を与えます。

法人形態の選択は、税負担だけでなく事業の自由度や将来の資金還流にも関わるため、進出前の段階で税務の専門家と十分に検討しておくべきテーマです。

移転価格税制と関連会社間取引への対応

フィリピンでは、移転価格税制（Transfer Pricing Rules）が適用されており、日本本社とフィリピン子会社間の取引価格が「独立企業間価格（アームズ・レングス・プライス）」に基づいていることが求められます。この制度は、多国籍企業グループによる利益の不正な国外移転を防止するために設けられたもので、BIRによる監視は年々強化されています。

移転価格税制が適用される取引としては、日本本社とフィリピン子会社間での製品売買、技術提供やライセンス契約に基づくロイヤリティの支払い、グループ企業間での資金の貸借、および経営管理サービスに対する管理手数料の設定などが挙げられます。

これらの取引について、市場の相場から大きく乖離した価格設定が行われていると判断された場合、BIRによる税務調査の対象となり、追加課税が発生するリスクがあります。このリスクを回避するためには、移転価格文書（Transfer Pricing Documentation）を事前に整備し、取引価格の合理性を客観的に証明できる状態にしておくことが重要です。

さらに、フィリピンでは「事前確認制度（Advance Pricing Agreement：APA）」を活用することも可能です。APAは、税務当局との間で移転価格の算定方法をあらかじめ合意しておく制度であり、将来の税務リスクを大幅に軽減できます。グループ間取引の規模が大きい企業にとっては、APAの活用を積極的に検討する価値があります。

二重課税の回避と日比租税条約の活用

日本とフィリピンの間には「日比租税条約（Japan-Philippines Tax Treaty）」が締結されており、これを適切に活用することで、同一の所得に対する二重課税を軽減することが可能です。二重課税とは、フィリピンで法人税を納めた後に、同じ所得が日本でも課税される状況を指します。

外国税額控除（Foreign Tax Credit）は、二重課税を回避するための基本的な方法です。フィリピンで支払った法人税を、日本での税務申告において外国税額控除として適用することで、日本での法人税負担を軽減できます。

源泉税の軽減も、日比租税条約の重要なメリットです。通常、フィリピン法人から日本企業への配当に対しては25%の源泉税が課されますが、租税条約の適用により10%まで軽減される場合があります。同様に、利子やロイヤリティの支払いについても、条約に基づく軽減税率が適用されることがあります。

恒久的施設（PE：Permanent Establishment）の該当性の確認も見落としてはなりません。日本企業のフィリピンでの事業活動がPEに該当すると判断された場合、その活動から生じる所得にフィリピンの法人税が課されます。出張ベースでの営業活動や、現地代理人を通じた事業展開がPEに該当するかどうかは、契約形態や活動の実態によって判断が分かれるため、事前に税務専門家に確認しておくことが重要です。

二重課税の問題は、フィリピンと日本の両国の税制に精通した専門家でなければ適切に対処することが難しい分野です。租税条約の適用手続きにも一定の書類提出が必要となるため、進出前の段階から両国の税務に詳しいアドバイザーに相談しておくことを強く推奨します。

5. フィリピンの税制改正と今後の動向

フィリピン政府は、経済成長の促進と投資環境の改善を目的に、法人税を含む税制の改革を継続的に進めています。特に2021年に施行されたCREATE法は、法人税率の引き下げと税制優遇措置の再編を柱とする大規模な改革でした。その後も追加的な法改正が行われており、フィリピンに進出する日本企業にとって、税制動向の把握は経営上の必須事項です。

CREATE法（2021年施行）による主な変更点

CREATE法（Corporate Recovery and Tax Incentives for Enterprises Act）は、フィリピンの法人税環境を大きく変えた画期的な税制改革法です。この法律の施行により、フィリピンの法人税率は従来の30%から、一般企業は25%、中小企業（年間課税所得500万ペソ以下かつ総資産1億ペソ未満）は20%へと引き下げられました。

税制優遇措置についても大幅な見直しが行われました。従来、PEZA登録企業が長期間にわたって享受していた5%の特別法人税（Gross Income Tax）は有期限化され、優遇期間の上限が設定されました。また、一部の業種では従来適用されていた税制優遇が縮小され、特に大企業や特定の製造業者に影響が及びました。

一方で、CREATE法は新たな優遇対象分野も設けています。研究開発活動、環境技術の導入、インフラ投資などの分野では、新たな税額控除や優遇措置が導入され、これらの分野への投資を後押しする方針が打ち出されました。

なお、CREATE法施行後に成立したCREATE MORE法では、上記の規制の一部が緩和される方向で修正が加えられています。たとえば、税制優遇の適用期間の延長や、適用対象の拡大などが含まれており、企業にとっては追い風となる内容です。ただし、緩和の詳細は業種や条件によって異なるため、最新の法律や施行規則を確認することが重要です。

今後予想される税制改正の方向性

フィリピン政府は、財政の健全化と投資誘致の両立を図るため、引き続き税制改革を推進する方針を示しています。現在議論されている主な改正テーマは以下のとおりです。

法人税率のさらなる引き下げの可能性。CREATE法により25%まで引き下げられた法人税率ですが、近隣のASEAN諸国との比較では依然として高水準にあります。シンガポールの17%、タイの20%と比べると、フィリピンの競争力強化のためには、さらなる税率引き下げが検討される可能性があります。

デジタル経済への課税強化。フィリピンでは、eコマースやデジタルサービス市場が急成長しています。政府は、海外のデジタルプラットフォーム事業者（動画配信サービス、クラウドサービスなど）がフィリピンの消費者に提供するサービスに対するデジタルサービス税（VAT）を導入しています。また、ECサイト運営者やフリーランスのオンラインビジネス従事者に対する税務登録義務の厳格化も議論されており、フィリピンでオンラインビジネスを展開する企業にとっては、新たな税務コンプライアンスへの備えが求められます。

付加価値税（VAT）制度の見直し。フィリピンの現行VAT税率は12%ですが、一部の免税措置が見直される可能性があります。特に、輸出業者向けのVAT還付制度が厳格化された場合、還付手続きの長期化やキャッシュフローへの悪影響が懸念されます。輸出事業を行う企業は、この動向を注視しておく必要があります。

6. よくある質問（FAQ）

Q1. フィリピンの法人税率は何%ですか？

フィリピンの法人税率は、2021年のCREATE法施行後、一般企業が25%、中小企業（年間課税所得500万ペソ以下かつ総資産1億ペソ未満）が20%です。従来の30%から大幅に引き下げられました。ただし、PEZA登録企業など特定の条件を満たす場合は、法人税免除や5%の特別税率が適用されることがあります。

Q2. PEZA登録企業が受けられる税制優遇とは？

PEZA登録企業は、最長4～8年間の法人税免除（ITH）を受けることが可能です。免税期間終了後も、通常25%の法人税ではなく5%の特別法人税が適用されるケースがあります。さらに、事業に必要な設備や原材料の輸入に対する関税とVATの免除も適用されます。ただし、PEZA登録には輸出比率や雇用要件などの条件があります。

Q3. 日本企業がフィリピンで法人を設立する場合、現地法人と支店のどちらが有利ですか？

一概にどちらが有利とは言えず、事業の目的や利益の還流方法によって最適な形態が異なります。現地法人は全世界所得が課税対象となりますが、支店利益送金税（15%）は発生しません。支店はフィリピン国内所得のみが課税対象ですが、利益送金時に15%の追加課税があります。事前に税務の専門家と相談し、長期的な税務コストをシミュレーションしたうえで判断することが重要です。

Q4. フィリピンの法人税申告はいつまでに行う必要がありますか？

四半期申告（BIR Form 1702Q）は各四半期終了後60日以内、年次申告（BIR Form 1702）は会計年度終了後120日以内が期限です。12月決算の企業であれば、年次申告の期限は翌年4月15日です。期限を過ぎると罰則が科されるため、余裕を持ったスケジュール管理が必要です。

Q5. 移転価格税制への対応で気をつけるべきことは？

日本本社とフィリピン子会社間のすべての取引が、独立企業間価格（アームズ・レングス・プライス）に基づいている必要があります。BIRは移転価格の監視を年々強化しており、移転価格文書（TP Documentation）の整備が望ましいとされています。取引規模が大きい場合は、事前確認制度（APA）の活用によって将来の税務リスクを軽減することも検討すべきです。

Q6. フィリピンと日本の二重課税はどのように回避できますか？

日比租税条約を活用することで、二重課税を軽減できます。具体的には、フィリピンで支払った法人税について日本での外国税額控除を適用する方法、租税条約に基づくサービス・配当・利子・ロイヤリティの源泉税率の軽減（配当の場合、通常25%が10%に軽減されうる）などがあります。租税条約の適用には所定の手続きと書類提出が必要なため、両国の税務に詳しい専門家のサポートを受けることが推奨されます。