【2025年版】フィリピンの税金を徹底解説｜中小企業が知るべき税制度・対応ポイントまとめ

掲載日：2025年10月16日

株式会社カメリアコンサルティング

カメリアコンサルティングはマニラ・セブ・ダバオを中心に、フィリピン進出する日系企業様向けのワンストップサービス（会社設立、会計税務、法務など）を提供しています。「フィリピンに進出されている日系企業の皆さまが、現地の会計 / 税務 / 法務の業務に頭を悩ませることなく、本業を拡大させること」が命題であると考え、クライアント様のご要望にお応えできる幅広いラインナップを揃えています。代表取締役の日比野は海外進出コンサルティングファームやデロイトトーマツ社で経験を積み、10年間で100件を超えるコンサルティング実績があります。フィリピンに根差しながらも高いクオリティのサービス提供を目指しており、設立以来、フィリピン大手金融機関様からのご紹介案件を中心に、事業を拡大しています。また、2023年11月より、セブ日本人商工会議所の理事も務めています。会社規模問わず、様々な業種のクライアント様のご要望にお応えできますので、是非お気軽にご相談ください。

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海外ビジネスの拠点として注目されるフィリピンは、近年、日本の中小企業にとっても有望な市場となりつつあります。比較的安価な人件費や英語対応のしやすさ、ASEAN域内での戦略的立地などが評価される一方で、現地で事業を展開するうえで避けて通れないのが「税金」に関する対応です。法人税やVAT（付加価値税）をはじめ、フィリピンには日本とは異なる独自の税制度が存在し、申告・納付の実務や優遇措置の適用条件を正しく理解していないと、思わぬトラブルや余分な税負担を招くリスクがあります。本記事では、特に中小企業の実務担当者に向けて、フィリピンの税制度の全体像から法人税・VATの詳細、優遇制度の活用法、実務上の注意点までをわかりやすく解説します。これからフィリピン進出を検討されている方、すでに現地拠点をお持ちの方のどちらにとっても、実務に役立つ内容となるよう構成しています。

▼ 【2025年版】フィリピンの税金を徹底解説｜中小企業が知るべき税制度・対応ポイントまとめ

1. フィリピンの税制度の全体像を理解する
2. 法人所得税のしくみと適用条件
3. VAT（付加価値税）の制度とその実務
4. 源泉徴収税の種類と対応方法
5. 所得税・法人税の仕組みと税率
6. 地方税・間接税・その他の関連税制
7. まとめ｜税制理解を経営の武器に変える

1. フィリピンの税制度の全体像を理解する

税務管轄と主な税目の種類を押さえる

フィリピンの税務は、国税庁にあたる「Bureau of Internal Revenue（BIR）」が中心的な役割を担っています。事業者が関わる主な税目としては、法人所得税（Corporate Income Tax）、VAT（付加価値税）、源泉徴収税（Withholding Tax）、地方事業税（Local Business Tax）などがあり、企業活動の内容や規模によって課税内容が異なります。例えば、現地法人の設立後は法人所得税の納税義務が発生し、販売活動を行う場合にはVATの登録も必要になることが多く、取引先への支払い時には源泉徴収も求められる場合があります。これらの税目は、BIRの指導のもと、決められた期限と方式で正確に申告・納税する必要があります。

税率・優遇措置の理解と中小企業への影響

フィリピンでは、法人所得税の標準税率は基本的に25％とされていますが、中小企業（年間課税所得が5百万ペソ以下、かつ総資産が1億ペソ以下）については20％の軽減税率が適用される場合があります。また、フィリピン経済区庁（PEZA）やクラーク、スービックなどの経済特区に登録することで、一定期間の法人税免除、優遇税率、輸出入の関税優遇などのインセンティブを享受できる可能性があります。こうした制度は外国企業の誘致を目的に整備されており、日本企業も数多く活用しています。ただし、優遇制度には細かな要件や申請手続きが存在するため、制度理解と専門家との連携が不可欠です。

税制の特徴と申告実務のポイント

フィリピンの税務実務において特徴的なのは、月次・四半期・年次と複数のタイミングで申告・納税義務が発生する点です。たとえば、法人税やVATは四半期申告と年次申告、さらに源泉徴収税についても支払月の翌月に申告・納付を行う必要があります。これらの申告にはBIR指定の申告様式（例：Form 1702、2551Qなど）を使用し、eBIRFormsやeFPSなどの電子申告システムを活用します。期限を過ぎるとペナルティが課されるため、スケジュール管理と記帳体制の構築が非常に重要です。特に日系中小企業にとっては、現地の信頼できる会計事務所や税理士との連携が、安定した事業運営の土台となります。

2. 法人所得税のしくみと適用条件

一般法人に対する課税体系と税率の概要

フィリピンの法人所得税（Corporate Income Tax）は、法人の利益に対して課税される基本的な税制であり、原則として課税所得に対して25％の税率が適用されます。ただし、年間課税所得が500万ペソ以下かつ総資産が1億ペソ以下の中小企業に対しては、20%の税率が適用されます。この変更は、2021年施行のCREATE法（Corporate Recovery and Tax Incentives for Enterprises Act）により、法人税が引き下げられたもので、事業活動の活性化と投資促進を目的とした政策の一環として進められており、日本から進出する企業にとっても魅力的な優遇措置となっています。

課税対象となる所得の定義と範囲

フィリピン法人税法においては、フィリピン国内に設立された法人は「居住法人（Domestic Corporation）」とされ、国内外すべての所得が課税対象になります。一方、国外法人であってもフィリピンに支店などを設けて事業を行う場合には「非居住法人（Resident Foreign Corporation）」とみなされ、フィリピン国内で得た所得に対して課税されます。さらに、フィリピンに恒久的施設を持たず一時的に取引を行う「非居住外国法人（Non-Resident Foreign Corporation）」も、その国内源泉所得について課税を受けることになります。したがって、日本企業がどの形態でフィリピンに進出するかにより、課税範囲や税率が異なるため、進出形態の選定時には十分な検討が必要です。

税務優遇措置の条件と登録制度

法人所得税の軽減や免除を受けるには、特定の政府機関への登録が不可欠です。例えば、PEZA（Philippine Economic Zone Authority）やBOI（Board of Investments）といった政府機関に登録された企業は、一定期間法人税免除や特別税率（例：5％）の適用を受けることができます。ただし、これらの優遇措置には申請要件や報告義務が伴い、規定を満たさない場合には優遇が取り消されることもあるため注意が必要です。PEZA登録企業であれば、原則輸出型企業が対象となり、製造、ITサービス、物流などの分野で多くの実績があります。税制優遇を最大限に活かすためには、制度の正確な理解と、事前の準備が不可欠となります。

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3. VAT（付加価値税）の制度とその実務

フィリピンのVAT制度の概要と標準税率

フィリピンの付加価値税（VAT: Value Added Tax）は、商品やサービスの取引に課税される間接税であり、ビジネスを行ううえで必ず押さえておくべき重要な制度です。標準税率は12％で、課税対象となるのは国内取引・輸入・販売・サービス提供などが含まれます。VATは売上にかかるアウトプットVATと、仕入れや経費にかかるインプットVATに分けられ、インプットVATをアウトプットVATから差し引く形で納税額が計算されます。また、特定の輸出業や公益サービス、医療・教育関連などにはゼロ税率または非課税措置が適用されるケースもありますが、判定には注意が必要です。

VAT登録の義務とBIRへの手続き

VAT課税事業者としての登録は、年間売上高が300万ペソ（約800万円相当）を超える企業に義務付けられています。この売上基準は物価指数（CPI）に連動しており、今後調整される可能性もあるため、常に最新の指針を確認しておくことが重要です。登録はBIR（内国歳入庁）への申請を通じて行い、VAT課税事業者としての登録後は定期的な申告と納税が義務付けられます。

実務上の注意点：帳簿管理と申告

VATの適正処理には、記帳管理と帳票の整備が極めて重要です。BIRでは、VATに関する請求書や領収書には特定の記載事項（税務番号、税額の明示、適用税率など）を義務付けており、これを満たさない書類は税務上無効とされる可能性があります。申告は四半期で行う必要があり、Form 2550Q（Quarterly VAT Return）の提出が必須です。さらに、インプットVATの適用には証憑の整備が求められ、電子帳簿管理や会計ソフトとの連携を視野に入れた対応が求められる場面も増えています。

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4. 源泉徴収税の種類と対応方法

フィリピンにおける主要な源泉徴収税の分類

フィリピンの税務制度では、法人や個人による一定の支払いに対して、支払者側が税金を差し引いて納付する「源泉徴収制度（Withholding Tax）」が広く導入されています。大きく分けて、拡大源泉徴収税（Expanded Withholding Tax: EWT）、最終源泉徴収税（Final Withholding Tax: FWT）、および給与源泉徴収税（Withholding Tax on Compensation）の3種類が存在します。たとえば、国内のフリーランスや法人に対するサービス提供料の支払いにはEWTが適用され、国内外の配当・利息・ロイヤルティや国外へのサービス提供料の支払いなどにはFWTが適用されます。これらは支払い時点で徴収・納付義務が生じ、タイムリーな処理が求められます。

具体的な税率と事業者が注意すべき点

源泉徴収税の適用税率は支払いの種類や受取人の属性（法人／個人、居住者／非居住者）によって異なります。たとえば、ローカル法人への支払いに適用されるEWTは2％または10％が一般的ですが、非居住者法人への支払いでは最大25％のFWTが課せられるケースもあります。また、誤って適用税率を間違えた場合、追徴課税が発生するリスクがあるため、税務処理には細心の注意が必要です。税務署（BIR）による税務調査の際には、支払い明細や領収書、契約書といった裏付け資料の提示が求められることもあります。

月次申告と書類提出の流れ

源泉徴収税の申告および納税は月次で行う必要があり、具体的にはForm 0619-E（EWT）やForm 0619-F（FWT）などの書式を使用します。加えて、給与に関する源泉徴収ではForm 1601-Cを毎月提出するほか、年末にはForm 2316（源泉徴収証明書）やアルファリストの提出義務もあります。電子申告支払いシステム（eFPS）または電子ファイリング（eBIRForms）によるオンライン処理が基本とされており、提出期限に遅れると罰金の対象となるため、会計システムとの連携や税務代理人のサポートを活用し、漏れのない運用体制を整えることが求められます。

5. 所得税・法人税の仕組みと税率

フィリピンの法人税制度の基本構造

フィリピンでは、法人に対して課される法人所得税（Corporate Income Tax）は、その課税所得に応じて税率が適用されます。2021年のCREATE法（Corporate Recovery and Tax Incentives for Enterprises Act）の施行により、法人税率は引き下げられました。具体的には、国内企業で課税所得が500万ペソ以下、かつ総資産が1億ペソ未満の場合は20%、それ以外の大企業には25%が適用されます。また、非居住法人には異なる税率や源泉課税の形で課税が行われるため、事業形態によって税負担が変動する点に注意が必要です。

個人所得税と外国人駐在員に対する課税

個人に対しては、課税所得に応じた累進税率が適用されます。年収25万ペソまでの部分は非課税とされ、それ以上の所得には15%〜35%の範囲で税率が適用されます。また、日本人を含む外国人駐在員は、居住期間や就労形態に応じて「居住者外国人（Resident Alien）」または「非居住者外国人（Non-Resident Alien）」として課税区分が分かれます。たとえば、180日を超えて滞在し、給与を現地法人から受けている場合には、原則として居住者扱いとなり、フィリピン国内所得に対して課税が行われます。事前のビザ・就労許可取得とともに、給与構成の見直しや二重課税防止の適用も検討すべきです。

特別法人税率や優遇措置の適用条件

特定の条件を満たす法人、たとえば経済特区（PEZA）やボード・オブ・インベストメント（BOI）の認定企業に対しては、通常の法人税率より低い特別税率や優遇措置が適用される場合があります。たとえば、特定期間における法人税免除や、5%の特別税率による総収入課税が認められることもあります。ただし、これらの制度は申請要件や認定条件が厳格に定められており、CREATE法の施行以降は適用基準が見直されているため、専門家の助言を受けながら計画的に進めることが重要です。誤解や準備不足により本来のインセンティブが受けられない事例もあるため、最新制度の正確な理解が求められます。

6. 地方税・間接税・その他の関連税制

地方自治体による課税：事業税と許認可料

フィリピンでは、法人税やVATなどの国税のほかに、地方自治体（LGU）によって課される地方税の存在も見逃せません。とくに代表的なのが「地方事業税（Local Business Tax）」で、事業活動を行う市区町村に対して支払うことが義務づけられています。税率は事業の種類や売上規模に応じて異なり、たとえば商業活動であれば総収入の1〜2%が目安です。また、営業許可証（Mayor's Permit）取得の際にも登録料や環境税、安全衛生関連の料金が別途発生するため、進出先の地方自治体の規定を事前に確認し、対応スケジュールを明確にしておく必要があります。

間接税と特殊目的税の理解

VATとは別に、フィリピンでは特定の商品やサービスに対して課される「物品税（Excise Tax）」も重要な間接税の一つです。たとえばアルコール飲料、タバコ、燃料、鉱物製品、さらには自動車などが対象となり、製造段階や輸入時に課税されます。このような間接税は製品価格に転嫁されるため、消費者にとっては実質的な価格上昇要因となります。また、環境保護や健康促進などを目的とした「シンタックス（Sin Tax）」の導入も進んでおり、税制を通じた政策誘導の一環として注目されています。これらの税負担を見越した価格設計や販売戦略が、企業の競争力に直結します。

税務監査とコンプライアンスの重要性

フィリピンの税務当局（Bureau of Internal Revenue：BIR）は、企業に対して定期的または臨時の税務調査を実施しています。特に外国企業や新規参入企業は、調査対象になりやすい傾向があるため、帳簿管理や証憑類の整備、適切な記帳ルールの遵守が必須です。また、過去の申告内容との整合性も重視されるため、税制変更時の運用見直しや、専門家による定期的なレビュー体制の構築が重要です。近年ではデジタル申告やe-invoicingの導入も進んでおり、IT対応によるミス防止や記録保存の強化も求められています。コンプライアンスを怠れば、多額の追徴課税や事業停止リスクにつながるため、戦略的な管理が必要です。

7. まとめ｜税制理解を経営の武器に変える

フィリピンにおける税制は、国際的な基準に準じて整備が進む一方で、制度の改正頻度が高く、実務上の対応には細心の注意が求められます。法人税やVATといった基幹税だけでなく、地方税や間接税、特定業種に特化した課税制度まで幅広く存在しており、それぞれの制度を正確に理解し、適切に対応していくことが企業の成長と安定経営のカギとなります。

特に中小企業にとっては、初期段階での税務上の誤解や対応遅れが、大きなリスクとなることがあります。申告・納税のタイミング、必要書類の整備、地方自治体とのやり取りなど、現地の制度に合わせた柔軟な体制構築が不可欠です。また、近年では電子申告制度やインボイス制度の導入など、デジタル対応が求められる場面も増えており、システム面の整備も重要な検討事項です。

税務は単なるコストではなく、適切に管理・活用することで経営の選択肢を広げる「戦略資産」となります。制度の複雑さに戸惑うことなく、外部専門家との連携を通じて、自社のビジネスにとって最適な対応策を見つけていく姿勢が、フィリピンでの成功を導く第一歩となるでしょう。

フィリピンにおいては、日本よりも複雑な税務処理、手続きに加えて、不定期に税制改革が行われます。上記においては概要のみをお伝えしましたが、実際の手続きが煩雑かつ不明瞭であったり、商習慣を熟知せずに事業運営を行うことにより、トラブルが発生するケースが多々あります。フィリピン進出企業様でご不明な点やご相談事項があれば、是非、お気軽にご相談ください。