【最新対応】フィリピン VAT 完全ガイド｜登録・申告・ゼロレート・デジタル課税まで徹底解説

掲載日：2025年09月16日

株式会社カメリアコンサルティング

カメリアコンサルティングはマニラ・セブ・ダバオを中心に、フィリピン進出する日系企業様向けのワンストップサービス（会社設立、会計税務、法務など）を提供しています。「フィリピンに進出されている日系企業の皆さまが、現地の会計 / 税務 / 法務の業務に頭を悩ませることなく、本業を拡大させること」が命題であると考え、クライアント様のご要望にお応えできる幅広いラインナップを揃えています。代表取締役の日比野は海外進出コンサルティングファームやデロイトトーマツ社で経験を積み、10年間で100件を超えるコンサルティング実績があります。フィリピンに根差しながらも高いクオリティのサービス提供を目指しており、設立以来、フィリピン大手金融機関様からのご紹介案件を中心に、事業を拡大しています。また、2023年11月より、セブ日本人商工会議所の理事も務めています。会社規模問わず、様々な業種のクライアント様のご要望にお応えできますので、是非お気軽にご相談ください。

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近年、フィリピンはASEANの中でも高い経済成長率を維持し、日本企業の進出先として注目を集めています。中でも、事業運営において欠かせないのが「VAT（付加価値税）」への正しい理解と対応です。VATは単なる消費税制度ではなく、登録要件、課税対象、ゼロレートの適用、さらには税務還付までを含めた一連のルールとして事業活動に深く関わっています。

特にフィリピンでは、VAT制度が他国に比べてやや複雑であり、制度改正も頻繁に行われる傾向があります。そのため、誤った理解のまま事業を進めると、税務リスクやキャッシュフローの悪化といった深刻な課題に直面する可能性があります。

本記事では、フィリピンのVAT制度の基本から登録基準、課税・非課税の区分、ゼロレートや還付制度の概要まで、現地進出を検討・実行する企業が押さえるべきポイントを丁寧に解説します。現地での円滑な事業運営を支えるための第一歩として、ぜひ参考にしてください。

▼ 【最新対応】フィリピン VAT 完全ガイド｜登録・申告・ゼロレート・デジタル課税まで徹底解説

1.基礎から押さえる：フィリピンVATとは？
2.VATの申告・納税プロセスと必要書類
3.VAT還付と省略可能な処理方法
4.デジタルサービスへのVAT課税──最新の対応すべき動向
5.実務上のポイントと対応策
まとめ｜VATを正しく理解し、フィリピン進出をスムーズに

1.基礎から押さえる：フィリピンVATとは？

VATの基本メカニズム：標準税率12％の適用範囲とゼロレート／免税の違い

フィリピンにおけるVAT（付加価値税）は、商品やサービスの取引に課税される間接税で、標準税率は12％です。売上に対して広く適用されるこの税は、企業が商品を販売したりサービスを提供したりする際に最終消費者から徴収する形をとります。一方で、一部の取引には「ゼロレート」または「免税」の適用があります。ゼロレート取引とは、課税対象でありながら税率が0％とされるもので、たとえば輸出取引や特定のB2Bサービスなどが該当します。免税取引とはそもそもVATの適用対象外となる取引であり、例えば教育、公共料金、特定の医療サービスなどがこれに含まれます。ゼロレートと免税の違いは、仕入れ時に発生したVATの還付可否にあり、ゼロレートであれば還付請求が可能です。企業がこの制度を誤って理解すると、不要な納税や還付申請の漏れにつながるため、進出前から自社の取引内容に合った税区分を把握しておくことが重要です。

登録要件（年売上300万ペソ超、CPI調整の仕組み）とBIR登録の流れ

VAT登録は、フィリピンにおける事業活動を行う法人・個人が一定の売上高に達した場合に義務化される制度です。具体的には、年間総売上が300万フィリピンペソ（約800万円前後、為替により変動）を超える場合、BIR（国税庁）へのVAT登録が必要となります。この登録基準は、消費者物価指数（CPI）に基づく調整も行われており、将来的に上限額が変更される可能性もある点に注意が必要です。

登録手続きとしては、まず、法人設立時にBIR登録のフォームや書類（定款、登記証明など）を提出します。登録が完了するとBIRよりCOR（登録証明書）が発行され、CORにVATを含む事業者が対応すべき税目が記載されます。登録後はVATインボイスの発行、帳簿への記載、税務署とのやり取りが発生するため、初期段階での会計体制整備が不可欠です。日系企業にとっては、これらの煩雑な手続きに対応できる現地専門家との連携が重要です。

インプット・アウトプットVATの相殺方式と記帳管理の注意点

フィリピンのVAT制度では、事業者が仕入時に支払ったVAT（インプットVAT）と、販売時に顧客から徴収したVAT（アウトプットVAT）を相殺して納税額を算出します。たとえば、仕入れ時に1,000ペソのVATを支払い、販売時に1,200ペソのVATを顧客から回収した場合、差額の200ペソを税務当局に納めるという仕組みです。この相殺制度を正確に運用するには、すべての取引についてVATが正しく記載されたインボイスを受領・発行し、それを帳簿に記録して管理する必要があります。BIRは帳簿の記帳・保管にも厳格な規定を設けており、形式不備や記載漏れがあると還付拒否や罰金の対象となることがあります。また、VATは四半期申告ですが、月次申告が必要な他の税目との一貫性をもって記帳することが求められるため、タイムリーな処理体制の構築と、ローカルルールを理解した担当者の配置が欠かせません。現地法人設立の初期段階から、記帳フローと証憑管理を整備しておくことが、税務リスクを軽減する第一歩といえるでしょう。

2.VATの申告・納税プロセスと必要書類

VAT登録後のインボイス要件と記載項目（BIRフォーム2550）

フィリピンでVAT登録を完了すると、事業者はVATインボイスの発行義務を負うことになります。このインボイスは、単なる請求書ではなく、法的要件を満たす正式な帳票としてBIR（国税庁）によって厳格に管理されています。インボイスには、登録納税者名・TIN（納税者番号）・VAT登録番号・住所・取引日・商品またはサービスの詳細・単価・数量・合計金額・VAT額の明示など、細かい項目の記載が必要です。また、BIRに認可された印刷業者を通じて作成された公式様式、またはBIRが認可した電子インボイスシステムを用いることが求められます。さらに、VAT納付に使用するBIR Form 2550Qは四半期申告に用いられ、取引内容とVATの算出根拠を正確に反映させる必要があります。インボイスの形式不備は還付の否認や税務調査の対象となることもあるため、形式の正確性と運用ルールの順守は極めて重要です。

納税スケジュールと四半期の申告義務

フィリピンのVAT納税は原則として四半期で行われます。申告では、BIRフォーム2550Qを用いて四半期末から25日以内に提出・納税を行います。企業は定期的かつ正確にVATの報告と納付を行う体制を維持しなければなりません。特に申告期限を過ぎた場合には、延滞税や罰金が課されることがあり、税務コンプライアンスにおけるリスク管理が不可欠です。また、納税はオンラインプラットフォーム（eFPSやeBIRForms）を通じた電子申告が主流となりつつあり、登録・ログインの設定や帳票のデジタル管理など、社内のオペレーション対応も問われます。定型業務として毎月のフローをルール化し、責任部署を明確にすることが安定運用の鍵となります。

税務処理に必要な証憑類と帳票準備のポイント

VAT処理においては、BIRからの申告受理を得るために、取引ごとの証憑類を適切に整理・保管することが欠かせません。たとえば、売上に関するVATインボイス、仕入れに伴うVAT記載の請求書、契約書、納品書、支払証明書などが対象となります。これらは、アウトプットVATとインプットVATの整合性を証明する根拠資料として求められるため、帳票の形式・発行元・記載内容のすべてが整っている必要があります。また、これらの書類は帳簿に正確に反映されていることが前提であり、会計システムとの連携や管理フローの整備が求められます。フィリピンでは、BIRが帳簿保管に関する規定（5年間の保存義務など）を設けており、税務調査時には遡って資料提出を求められることもあります。したがって、紙・デジタル両面での文書管理体制の構築が、実務上の信頼性と機動性を支える基盤となります。

3.VAT還付と省略可能な処理方法

インプットVATの還付申請プロセスと、「無期限繰越」の代替活用法

フィリピンのVAT制度では、仕入れなどで支払ったVAT（インプットVAT）が売上にかかるVAT（アウトプットVAT）を上回る場合、その差額分について還付（リファンド）を申請することが可能です。とくに輸出型事業者やゼロレート対象取引が多い企業では、インプットVATが累積する傾向があるため、この還付制度の活用が重要となります。還付申請には、BIR（国税庁）への正式な書類提出と、申請内容に対する税務調査を含む審査が必要です。処理には数カ月から1年以上かかる場合もあり、キャッシュフローに影響するリスクも否定できません。そのため、多くの企業では「還付申請」ではなく、「VATクレジットの繰越」という代替措置を選択するケースもあります。フィリピンでは未還付のVATを次期以降に繰り越して控除することが可能であり、この方式は比較的シンプルかつ税務調査のリスクも低いため、実務上で広く採用されています。

還付申請に潜むリスクと審査対応の注意点（低リスク vs 調査の可能性）

VATの還付申請は制度上認められているものの、実務的には煩雑な手続きと高い審査ハードルが伴います。たとえば、対象期間の売上・仕入内容の整合性、VATインボイスの記載要件の正確さ、BIRが定める帳票との突合確認など、求められる資料の正確性と網羅性は非常に高い水準にあります。一般的に、BIRによる税務調査を受けることになり、税務リスク・時間・人的コストともに負担が大きくなる点には注意が必要です。また、提出書類に不備があった場合や期限を逸した場合には、還付が認められないリスクもあります。一方、還付申請を積極的に行う企業の中には、申請内容の透明性を高めるため、外部会計士やコンサルタントと連携して事前レビューを実施する例も見られます。制度上は正当な権利である還付ですが、その実行には高度な専門性と綿密な準備が必要であるため、戦略的に実施することが望まれます。

4.デジタルサービスへのVAT課税──最新の対応すべき動向

デジタルサービス提供者に対するVAT課税の法改正：RA第12023号の概要

フィリピンでは2023年に可決された「共和国法第12023号（RA No.12023）」により、非居住事業者によるデジタルサービスの提供にもVATが課されることとなりました。この改正は、グローバル企業によるオンラインサービスの利用拡大に対応したもので、電子書籍・クラウドサービス・動画配信・アプリケーション利用など、オンライン経由で提供される多くのサービスが新たに課税対象に含まれます。とくにGoogleやNetflix、Amazon Web Servicesといった海外大手事業者に加え、日本企業が提供するデジタルコンテンツも対象となる可能性があり、国際的なビジネス展開を行う企業にとっては、VAT制度の理解と遵守が必須となります。改正法は、一定の売上基準を超える非居住事業者に対して、BIRへのVAT登録義務を課すものであり、税務上の対応に不備がある場合はペナルティの対象にもなり得ます。

B2C対応とB2Bリバースチャージの実務上の違い

デジタルサービス課税においては、提供先が一般消費者（B2C）か事業者（B2B）かにより、課税処理の手順が異なります。B2Cの場合、サービス提供者が直接VATを計算・申告・納税する義務を負います。一方、B2Bの場合は、受け手であるフィリピン法人側が「リバースチャージ方式」により、仕入税額としてVATを自己申告・納税する必要があります。この仕組みは、国際的にも一般的な制度ですが、実務上はインボイスの記載内容や相手先の法人格の確認など、細かな確認作業が求められます。また、課税対象の明確化が難しいクラウド型サービスやSaaSなどでは、判断の曖昧さが税務リスクに繋がる可能性もあるため、契約書や請求書の文言の整備を含めた実務的な配慮が必要です。

国内外サービスの差異と遵守の留意点

VATの適用においては、サービスの提供地や提供形態によって、課税対象か否かの判断が変わるため、国内外の区分を適切に理解することが重要です。フィリピン国内法人がフィリピン居住者に提供するサービスは当然課税対象となりますが、国外から提供される場合も、最終的な利用地がフィリピンであれば課税対象となり得ます。この点においては、IPアドレスや請求先住所、決済手段などを用いて所在地を確認する実務も必要になる場合があります。さらに、日系企業がフィリピン国内に子会社を持つ場合、本社と現地法人間のサービス提供がVAT課税対象となることもあるため、社内間取引であっても税務的影響を十分に精査する必要があります。

5.実務上のポイントと対応策

内税表示が前提となるため、価格設定と請求書対応に配慮が必要

フィリピンではVATの表示が基本的に内税（inclusive）であることが前提となっています。このため、販売価格にVATが含まれている状態で提示する必要があり、契約書や請求書に明記される金額も内税価格で統一されるのが一般的です。もし外税方式で記載する場合には、相手先との明確な合意や適切な税額表示が必要となります。とくにB2C取引では価格表示の明確さが消費者保護の観点からも重視され、誤解を避けるためにも、表示方法や書類作成時のルールを社内で標準化しておくことが重要です。企業の価格戦略や収益計算においても、この内税前提のルールを考慮することで、想定外の税負担や契約トラブルを回避することができます。

VAT非課税対象業種（教育・公共料金等）を理解して正しく対応

VATの制度には、一定の業種や取引について非課税または免税が適用される規定があり、事業内容によってはVAT登録義務が免除されるケースもあります。たとえば教育サービスや公共インフラ関連の事業、国際輸送などは非課税対象とされることが多く、これらの業種ではVATの申告・納税義務が発生しません。しかし、こうした特例には細かい条件が設定されており、誤った解釈により課税対象となるべき売上を免税として処理してしまうと、追徴課税やペナルティの対象となる可能性があります。したがって、非課税対象の判断には専門家のアドバイスを受けるとともに、定期的な法改正の情報収集を欠かさないことが肝要です。

まとめ｜VATを正しく理解し、フィリピン進出をスムーズに

フィリピンのVAT制度は、単なる税率の確認にとどまらず、ビジネスの運営全体に深く関わる要素です。標準税率や免税制度といった基本的な知識はもちろんのこと、BIR登録のプロセス、請求書の記載方法、還付の仕組み、そして近年加速するデジタル課税の動向など、包括的な理解と継続的な対応が求められます。

特に日本企業にとっては、母国との税務処理の違いや申告頻度、証憑管理の慣習の違いなどが進出初期における大きな課題となり得ます。そのため、現地での実務に精通したパートナーとの連携が、安定した事業運営とコンプライアンス対応の鍵を握ります。

今後も法改正や税務行政のデジタル化は進展していくことが想定されます。フィリピンでの事業展開を成功に導くには、VATの基礎を正確に理解し、最新の制度変更に対する感度を高めた体制づくりが不可欠です。進出準備段階から運用フェーズに至るまで、一貫した税務戦略の設計が、フィリピン市場での持続的成長を支える重要な土台となるでしょう。

フィリピンにおいては、日本よりも複雑な税務処理、手続きに加えて、不定期に税制改革が行われます。上記においては概要のみをお伝えしましたが、実際の手続きが煩雑かつ不明瞭であったり、商習慣を熟知せずに事業運営を行うことにより、トラブルが発生するケースが多々あります。フィリピン進出企業様でご不明な点やご相談事項があれば、是非、お気軽にご相談ください。